人物生平
家世与早年
司马曜生于362年（晋哀帝隆和元年），是晋简文帝司马昱第六子，母为李陵容。他的祖父是东晋开国皇帝晋元帝司马睿。司马昱共有七个儿子，但前五个都早亡，只有司马曜和胞弟司马道子存活下来。365年（兴宁三年），琅邪王司马奕继承皇位后，司马昱徙封琅邪王，四岁的司马曜继其父会稽王之位。
371年（太和六年）十一月，大军阀桓温带兵入京，发动宫廷政变，通过崇德太后褚蒜子之命废司马奕为东海王，并拥立司马昱即皇帝位，是为晋简文帝，司马曜由此成为皇子。
自司马睿开国江左以来，一直处于士族门阀的轮流支配之下，形成门阀政治的格局。到了简文帝司马昱时，这种皇权不振、士族专权的局面更达到极点，桓温完全掌控了朝廷大政，连谢安都视其为“君”，史称“政由桓氏，祭则寡人”，桓温的野心是要简文帝“禅位于己”，达到倾移晋鼎的目的。
少年即位与危机过渡
372年（咸安二年）七月，简文帝病重，册封会稽王司马曜为皇太子，并遗诏“大司马温依周公居摄故事”，又说：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”此时晋朝国运到了千钧一发的地步，因为桓温完全可以凭借简文帝遗诏而篡晋自立。出身太原王氏的侍中王坦之当着简文帝的面撕掉了这封诏书，简文帝被迫同意将遗诏改为“家国事一禀大司马，如诸葛武侯、王丞相故事。”随即简文帝驾崩。 群臣中仍有慑于桓温淫威的人提议等待大司马处分，出身琅琊王氏的尚书仆射王彪之正色说：“天子崩，太子代立，大司马何容得异？若先面谘，必反为所责。”于是朝议确定，皇太子司马曜登基为帝，是为孝武帝。崇德太后又以司马曜年幼为由，再次命桓温行周公居摄故事，王彪之封还诏令，此令遂未施行。
孝武帝刚继位三个月，就发生了道教徒卢悚率众三百人攻入建康殿庭，掠取武库兵器，欲复辟海西公的变乱。此乱矛头直指桓温，客观上增加了王、谢等士族抗拒桓温的效果。桓温在373年（宁康元年）二月自姑孰入京，风传他有诛王、谢、移晋鼎的打算，王坦之、谢安等严阵以待。稍后桓温生病，病中犹要求朝廷为其加九锡，王坦之、谢安等延宕其事。是年七月，桓温死，孝武帝继位之初的危机期总算有惊无险地过渡了。
谢安执政与淝水之战
桓温虽死，门阀政治的格局依然延续。由于孝武帝年幼，为了防止桓温之弟桓冲等谯国桓氏人物继续专权，王、谢等士族在桓温死后请出崇德太后第三次临朝听政。东晋实权仍由士族门阀把持，只不过由谯国桓氏逐渐转移到陈郡谢氏手中。
375年（宁康三年）五月，王坦之死，谢安势力更盛。同年八月，孝武帝大婚，迎娶太原王氏名士王濛的孙女王法慧为皇后，其弟琅邪王司马道子也迎娶王坦之的从侄女为王妃。
376年（太元元年）正月初一，孝武帝加元服，崇德太后归政，谢安以中书监录尚书事，成为名副其实的宰相。谢安当权的最大弱点在于没有可靠的军事力量作为支撑。377年（太元二年），谢安推举自己的侄儿谢玄为兖州刺史，镇守广陵，两年后又兼领徐州刺史，驻节北府。谢玄在此期间招募刘牢之、何谦、诸葛侃、高衡、刘轨、田洛及孙无终等骁将，整合他们麾下以流民为主的军队，组成了赫赫有名的“北府兵”。
378年（太元三年）四月，前秦派苻丕攻打襄阳，荆州刺史桓冲抵御，孝武帝诏命谢玄发徐、兖、青三州人丁，遣彭城内史何谦游军淮泗以为形援。何谦出兵是北府军的首次出战。到379年（太元四年）正月，襄阳失守，东晋守将朱序被俘，其后彭城、下邳先后并入前秦，建康告急。379年（太元四年）六月，北府兵在君川打败秦军，前秦势力被逐于淮北，建康紧急状态得以解除。
383年（太元八年）八月，前秦天王苻坚下诏大举攻晋，淝水之战终于爆发。苻坚亲率步兵60万、骑兵27万、羽林郎3万，共90万大军从长安南下，苻坚骄狂地宣称：“以吾之众旅，投鞭于江，足断其流。”东晋北上抗击秦军的总共兵力才8万，在宰相谢安的主持下，以谢石为大都督，谢玄为前锋，刘牢之为主力，前往迎战。
淝水之战中，朱序心怀故国，将秦军部署和盘托出，并建议趁秦军未完全集结迅速出击。谢玄派刘牢之率精兵五千强渡洛涧，大获全胜。谢玄见双方力量对比悬殊，便派使者去秦营，要求秦军把阵地稍向后退，空出一块地方决战。苻坚认为让军队稍向后退，待晋军半渡过河时再以骑兵冲杀，于是就答应了谢玄的要求。结果秦军一后撤就失去控制，阵脚大乱。谢玄率领八千多骑兵趁势抢渡淝水，向秦军发动猛攻。这时朱序在阵后乘势喊叫：“秦军败了！秦军败了！”秦军争相逃命，几十万军队就像山崩了一样大溃逃。东晋获得淝水之战的胜利。
皇权回收与主相相持
淝水之战的胜利延续了东晋王朝的命脉，但内部的权力结构却发生了微妙的变化。383年（太元八年）九月，隐忍已久的孝武帝便以胞弟琅邪王司马道子录尚书六条事，开始分割谢安的权力。
谢安主导了淝水之战的胜利，却遭遇功高不赏的窘境。王国宝等人以“谗谀之计”离间孝武帝与谢安关系，再加上谢安本有名士情结，不愿争权夺利，便作出让步，384年（太元九年）八月自请北征，并于翌年四月出居广陵，八月去世。司马道子顺理成章地成为扬州刺史、都督中外诸军事。随着谢安被排挤及死去，谢玄也不能自安于北府之任，加以北伐失利和疾病的原因，387年（太元十二年）正月解除兵权，退就会稽内史，一年后去世。谢玄的引退标志着陈郡谢氏的门阀政治落下帷幕，也意味着孝武帝完成了皇权的收回。
尽管孝武帝实现了亲政，“威权己出”，但他显然不是一位合格的君主。孝武帝与其弟司马道子一起沉湎酒色，把宫廷搞得乌烟瘴气，又信奉佛教，宠幸僧尼，朝政日益昏暗。然而，在孝武帝和司马道子“酣歌为务”的表面下，兄弟之间却潜藏着深刻的矛盾，从而形成了太元后期的“主相相持”格局。主相相持直接表现为外戚太原王氏内部的矛盾，即孝武帝王皇后出身的王恭一系和琅邪王妃出身的王忱一系之间的斗争。
晚年与遇弑
396年（太元二十一年），司马曜与宠姬张贵人酒后戏言，说张贵人已经快要三十岁了，按年龄应该要被废弃了。张贵人听到这话，心里非常愤怒。夜里张贵人趁司马曜酒醉在清暑殿睡觉时，先用酒打发宦官们去休息，再命令婢女用被子将司马曜的脸蒙起来，将司马曜活活闷死。事后，张贵人重金贿赂左右侍从，说司马曜“因魇暴崩”。十一月，葬于今江苏南京的隆平陵。
家世、简文帝遗诏与即位之危
晋孝武帝司马曜字昌明，生于（孝武文太后李陵容）。其父司马昱共有七个儿子，前五个都早亡，只有司马曜与其胞弟（司马道子）成人；司马昱继承皇位后徙封琅邪王，四岁的司马曜则继其父会稽王之位。太和六年（371年）十一月，大军阀桓温带兵入京、发动宫廷政变，通过崇德太后的命令废司马奕为东海王并拥立琅邪王司马昱即皇帝位，是为简文帝，司马曜也就成为皇子。自司马睿开国江左以来，东晋一直处于（王、庾、桓、谢）门阀的轮流支配之下，"除（元帝、明帝）稍有作为以外，其他皇帝都是几乎傀儡般的存在"；到简文帝时"皇权不振、士族专权"更达极点。史称"是时温威势翕赫，侍中谢安见而遥拜，温惊曰：'安石，卿何事乃尔！'安曰：'未有君拜于前，臣揖于后。'"，而当时政局被概括为"政由桓氏，祭则寡人"——桓温的野心，正是要简文帝"禅位于己"。
简文帝登基仅八个月便得重病，宁康二年（372年）七月二十三日连发四诏催促尚居（姑孰）的桓温入朝辅政，桓温故意推辞；五天后病情加剧，遂册封会稽王司马曜为（皇太子），所颁遗诏依（周公居摄）故事，又说"少子可辅者辅之，如不可，君自取之"。国运可谓千钧一发，因为桓温完全可以凭此遗诏篡晋自立。出身（太原王氏）的王坦之当着简文帝的面撕掉了诏书，简文帝被迫同意将遗诏改为"家国事一禀大司马，如诸葛武侯（故事）"；而群臣中仍有慑于桓温淫威的人提议"当须大司马处分"，王彪之正色说："天子崩，太子代立，大司马何容得异？若先面谘，必反为所责。"于是朝议确定，皇太子司马曜登基为帝。崇德太后又以他年幼、且在为其父服丧为由，再次命桓温行周公居摄故事，而王彪之以为"此异常大事，大司马必当固让，使万机停滞，稽废山陵"，未敢奉令。"就在晋室命悬一线、不绝如缕的关键时刻，各家士族门阀联手阻止了桓温篡晋的阴谋，确保了司马曜的顺利即位及东晋王朝的延续。"
危机过渡、谢安执政与北府兵
他刚继位三个月，就发生了（彭城妖人）卢悚率众三百人攻入（殿庭）、掠取武库兵器、欲复辟海西公（司马奕）的变乱。此乱"矛头直指桓温，客观上增加了王、谢等士族抗拒桓温的效果"；桓温于宁康元年（373年）二月自姑孰入京，"风传他有诛王、谢，移晋鼎的打算，王坦之、谢安等严阵以待"，桓温也只就前一年冬卢悚一事穷加究治。稍后桓温生病，"病中犹要求朝廷为其（加九锡）"，而王坦之、谢安等延宕其事；是年七月桓温死，"孝武帝继位之初的危机期总算有惊无险地过渡了"。但门阀政治的格局依然延续：由于他年幼，为防止桓温之弟（桓冲）等谯国桓氏人物继续专权，谢安在桓温死后请出孝武帝的从嫂崇德太后（临朝），史载"时天子幼弱，外有强臣，安与坦之尽忠辅卫，卒安晋室"。宁康三年（375年）五月王坦之死，谢安势力更盛，与（桓冲）分处中外，"形成东晋权力结构的平衡"；同年八月孝武帝大婚、迎娶太原王氏名士（王蕴之女），而（琅邪王司马道子）也迎娶王坦之的从侄女为王妃——这不仅使（太原王氏）的影响力继续存在于东晋朝廷，"也为孝武帝后期主相相持的政局埋下伏笔"。
谢安当权的最大弱点，"在于没有可靠的军事力量作为支撑"：对内要防范仍在（上游）的桓氏势力，对外要对付日益强盛的前秦政权，故太元二年（377年）谢安推举其侄谢玄出镇广陵，两年后又兼领徐州刺史；谢玄"多募劲勇"，刘牢之与东海何谦、琅邪诸葛侃、乐安高衡、东平刘轨、西河田洛及晋陵孙无终等"以骁猛应选"，谢玄以刘牢之为参军、"领精锐为前锋，百战百胜，号为'北府兵'，敌人畏之"。北府兵"战斗力极强，不仅巩固了陈郡谢氏的势力，更为江左华夏政权的存续提供了坚强的保障"。
前秦南侵、淝水决战与皇权回收
太元三年（378年）四月，前秦发徐、兖、青三州人丁南下，东晋遣彭城内史何谦游军淮泗以为形援，"从此以后，上下游桓、谢军队配合，彼此策应，以分前秦兵锋，形成东晋战略的一个特点，对于保障最终胜利起了重大作用"；同年七月前秦亦东西策应，至太元四年（379年）正月襄阳失守，其守将（朱序）等先后并入前秦，"建康告急，形势对东晋更加不利"。太元七年（382年）十月，苻坚将大举攻晋的计划公开于群臣，"群臣大多反对"，强调（谢安、桓冲）"皆江表伟人，君臣辑睦，内外同心"，而苻坚志在必得、一意孤行，"甚至已经安排孝武帝当尚书左（仆射）"——《晋书·苻坚载记》记其"书期克捷之日，以帝为尚书左仆射，谢安为吏部尚书，桓冲为侍中，并立第以待之"。太元八年（383年）五月至七月，桓冲率众十万反攻襄阳，分遣诸将北进，"这是桓冲在淝水之战前夕为了减轻建康压力而采取的一次大规模策应行动，使苻坚南侵之师疲于奔命"；谢玄部下广陵相（刘牢之）亦遣宣城内史胡彬率众向（寿阳），"以为攻襄阳的桓冲军声援，显示出大敌当前时东晋内部桓、谢两大门阀的团结"。双方也并非全无摩擦：争夺江州刺史时"两方冲突又起，最后谢氏让步，孝武帝以桓冲自领江州刺史"，"这反映出门阀之间的潜在矛盾，为同仇敌忾的表象下增添了不和谐音符"。
太元八年八月，苻坚下诏大举攻晋，"亲率步兵60万、骑兵27万、羽林郎3万，共90万大军从长安南下，绵延数千里，水陆齐进，仅运粮船只就有万艘"，并骄狂宣称"以吾之众旅，投鞭于江，足断其流"；而东晋北上抗击秦军的总共兵力才八万，以谢玄（所统北府兵）为主力前往迎战。秦军前锋（苻融）率三十万先到颍口，"秦军初战告捷"，攻占（寿阳）并截断东晋援军胡彬的退路、将其包围在硖石；苻坚得报大喜，留大军于（项城），带轻骑八千赶到寿阳，又派在襄阳俘获的东晋将领朱序前去劝降——而朱序"心怀故国，将秦军部署和盘托出，并建议趁秦军未完全集结，迅速出击"，晋军本打算坚守不战，听了朱序的话后便改为主动出击。十一月，刘牢之率精兵五千强渡洛涧、攻击对手的五万人马，"大获全胜，斩前秦梁成等10将"，晋军信心倍增，谢石继续挥军水陆并进直抵（淝水）边扎营，与寿阳的秦军隔岸对峙。谢玄派使者要求秦军稍向后退、空出地方以决胜负，苻坚想待晋军半渡时以骑兵冲杀，遂指挥秦军后撤，结果"秦军一后撤就失去控制，阵脚大乱"；谢玄率八千余人趁势抢渡淝水猛攻，朱序又在阵后乘势喊叫"秦军败了！秦军败了！"，秦军多系强征入伍、由多个民族组成、"同床异梦，人心本来就不稳"，闻言越发慌乱、争相逃命，"几十万军队就像山崩了一样丢盔弃甲的大溃逃"。