人物生平
家世与早年
司马睿出身西晋皇族。祖父司马伷为司马懿庶出之子，在西晋开国后累封琅邪王，在平吴之役中立有大功。其父司马觐袭爵琅邪王，一生无突出事迹。
《晋书》卷6《元帝明帝纪》载："元皇帝讳睿，字景文，宣帝曾孙，琅邪恭王觐之子也。咸宁二年生于洛阳，有神光之异，一室尽明，所藉藁如始刈。及长，白豪生于日角之左，隆准龙颜，目有精曜，顾眄炜如也。年十五，嗣位琅邪王。幼有令闻。"其中对司马睿的描述多为追崇溢美之辞。
276年（晋武帝咸宁二年），司马睿生于洛阳。290年（太熙元年）司马觐去世，年仅十五岁的司马睿依例袭琅邪王爵。同年四月，晋武帝司马炎驾崩，继立的晋惠帝司马衷鲁愚迟钝，无力驾驭政局。西晋统治集团内部开始了持续十余年的"八王之乱"。
在动荡险恶的政治环境中，处于帝室疏族地位的司马睿采取恭俭退让的方针以求自保。据说以忠直闻名的侍中嵇绍此时已对司马睿颇为赏识。《晋书》载："及惠皇之际，王室多故，帝每恭俭退让，以免于祸。沈敏有度量，不显灼然之迹，故时人未之识焉。惟侍中嵇绍异之，谓人曰：'琅邪王毛骨非常，殆非人臣之相也。'"292年（元康二年），司马睿拜员外散骑常侍。
八王之乱中辗转
在洛阳时，司马睿所交结密切的朋友只有琅邪人王导。王导出身北方头等士族琅邪王氏，他观察局势变化，多次劝说司马睿回到封国以施展抱负。司马睿虽赞成王导的主张，却难觅归国之机。
304年（永兴元年）七月，时任左将军的司马睿跟从挟持了晋惠帝的东海王司马越，参加征讨成都王司马颖的战争。结果朝廷军在荡阴（今河南汤阴）被打得大败，司马越逃回封国，司马睿与惠帝及诸王公大臣均被劫掠入邺。不久，司马睿的叔父东安王司马繇因得罪司马颖而被害。司马睿担心受到牵连，暗中逃出邺城奔往洛阳，途中险些被黄河岸边的津吏捕获，幸得随从宋典机智解救才得以幸免。到洛阳后，他马上将家眷接出，回到琅邪封国。
305年（永兴二年）七月，司马越实力恢复，为操控朝政，以迎天子为借口联络山东各方镇讨伐占据关中的河间王司马颙。临行前，他授司马睿为平东将军、监徐州诸军事之职镇守下邳（今江苏睢宁西北），为他看守后方。司马睿延请王导担任平东将军司马，凡有"军谋密策"，都听由王导规划。
南渡建邺
这一时期，司马越弑君专权，愈加暴虐。王导等人预感到天下将要大乱，于是更加卖力地劝说司马睿出镇建邺。他还利用自己兼参东海王军事的便利条件，争取到了东海王妃裴氏的支持，而使司马睿在307年（永嘉元年）七月被任命为安东将军、都督扬州之江南诸军事、假节，得以南镇建邺（今江苏南京）。
西晋灭吴以后，南方士族长期被排斥，仕进困难，对北人颇有敌视情绪。就在司马睿出镇江南之前，他们才联合消灭了企图割据江东的广陵国相陈敏。因此，作为素无名望、业绩的皇室疏属，司马睿想要在原吴国境内建立以北方士族为骨干的政权，联络南方士族便成为极其重要的事务。在王导的劝说下，司马睿派王导亲自去造访江南士族领袖贺循、顾荣，二人都应召而至，由此吴地之人望风顺附，百姓归心，"君臣之礼始定"。
相传司马睿初到建业时，吴地之人不愿归附，到建康已一个多月，士族百姓还没有人来登门拜谒。正赶上司马睿出去观看禊祭，王导让司马睿乘舆，安排了威严的仪仗，王导和王敦等名士们都骑马侍从。纪瞻、顾荣等人见后十分惊异，接连在道旁行拜礼。但司马光在《资治通鉴考异》卷4中对此事已有怀疑，今人田余庆在《东晋门阀政治》中亦通过详细考订，认为这一记载与史实不符。
在司马睿建立江东政权的过程中，王导起了决定性的作用。司马睿对王导极其倚重，把他比为萧何，王导得以长居机枢之地，"朝野倾心，号为仲父"。琅邪王氏的兄弟子侄分别把持了重要职位。309年（永嘉三年）三月，王导从兄王敦成为扬州刺史，建邺更成了王氏的天下。
据说司马睿南镇之初仍喜饮酒，王导见后常哭泣劝阻。司马睿答应王导的请求，在畅饮一番后把酒杯扣在桌上，表达了自己戒酒的决心。他采纳了王导制定的"谦以接士，俭以足用，以清静为政，抚绥新旧"方针，使之成为江东政权的基本国策。在这一方针引导下，司马睿相继招揽了纪瞻、卞壸、刘超、张闿、孔衍等名士进入幕府，号称"百六掾"。一个以南北士族为核心的江东政权初步形成了。
扩张势力与应对北方变局
309年（永嘉三年），已在山西建立汉赵政权的刘渊前后两次派兵攻打洛阳。总揽朝政的司马越征调出身于吴兴大族的建武将军钱璯以及王敦率军赴援。钱璯到达广陵（今江苏扬州），畏惧汉赵军强盛，不肯前行。司马睿奉命催行，并威胁要以军法惩办。钱璯一怒之下转而攻打王敦，王敦败逃建邺。钱璯遂公开叛乱，自号平西大将军、八州都督，立孙皓子为吴王，建立政权。次年（310年）三月，义兴豪族周玘纠合部曲起兵，与政府军合力，终于将钱璯击灭。周玘此前相继主导平定石冰、陈敏反叛，加上讨平钱璯，已是三定江南。司马睿任命周玘为吴兴太守，还擅自特设义兴郡以示旌奖。擅设郡县一事，已体现出司马睿的独立性。
310年（永嘉四年）十月，汉赵新君刘聪征集大军进攻洛阳，洛阳重新告急。晋怀帝传檄哀告各地方镇发兵入援，但始终未见一路救兵到达。以镇东将军之职都督扬州诸军事的周馥从寿春（今安徽寿县）上书建议迁都寿春。司马越厌恶周馥此举，一面出居许昌，一面北调周馥。周馥素来对司马越专权不满，这次自然不会承命。淮南太守裴硕奉司马越密旨偷袭周馥，失败后逃到东阿，向司马睿告急。司马睿早有并吞周馥之心，于是乘势派兵协助裴硕击败周馥，将其俘获。自此，司马睿控制了与建邺毗邻的淮南，割据范围进一步扩大。
311年（永嘉五年）三月，司马越病死项城，太尉王衍等王公重臣在奉其丧回葬东海的途中被汉赵军围歼。洛阳孤立无援，不久后被攻陷，怀帝被俘。此时，司徒傅祗、司空荀藩、大将军苟晞、大司马王浚分别在各地建立行台，各奉一位宗室布告天下。其中以荀藩奉立的秦王司马邺行台影响较大，他们传檄要求各方镇出兵勤王。在这些势力中力量最强的镇东大将军、兼督扬江湘广交五州诸军事司马睿顺理成章被推为盟主。但司马睿无心北上，专意经营江南。
面对北方流民为逃避战乱纷纷南下的趋势，司马睿采纳王导的建议，极力对其进行招抚。他在长江南北设置了许多侨置州郡县，安置流亡人口，并为这些北来侨民特别设置了一种临时户籍——白籍，使其长期享受减免租税赋役。对于南下的流民帅，则授予要职，使他们为自己效力，如东晋初期的文武重臣郗鉴、祖逖等人，便是在此时陆续南下的。通过这些措施，司马睿取得了北方侨人士族的支持，并使他们成为自己政权的支柱。但这种做法造成江南郡县制度和户籍制度的混乱，并为大族侵吞户口提供了便利。
扬州的西部地区属于江州，司马睿想要西扩，必须要控制江州。而当时江州刺史华轶自认为受朝廷任命，不愿意服从司马睿的命令，双方关系十分紧张。311年（永嘉五年）六月，司马睿调周访至彭泽（今江西鄱阳湖北），对江州的治所豫章（今江西南昌）施压，继而强令江州改易长吏。遭到华轶的拒绝后，司马睿命王敦、甘卓及周访等合兵攻打江州，华轶兵败被杀，江州被占领。与此同时，豫州刺史裴宪也被司马睿派兵驱逐。由此，他将势力扩张到了长江中游。
312年（永嘉六年）二月，从北方传来汉赵大将石勒准备兴兵南下的消息，建邺震动。不久，石勒引军骚掠豫州诸郡，临江而还，屯兵于葛陂，又有渡淮入江、夺取建邺的打算。司马睿将主力全部集中在寿春，任命熟悉水势的纪瞻为扬威将军统帅各部。由于连降三月大雨，石勒军饱受饥疾困扰，被迫撤退北上，江东形势这才化险为夷。
称帝建东晋
313年（建兴元年），晋怀帝在汉赵都城平阳被杀的消息传到长安后，晋愍帝以皇太子即位为帝，并在五月壬辰日（6月27日）进司马睿为侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，与大都督陕西诸军事的右丞相南阳王司马保分陕而治。315年（建兴三年），司马睿进位丞相、大都督中外诸军事。
317年（建武元年），在上一年汉赵俘擄晋愍帝的消息随平东将军宋哲传到建康后，宋哲宣称有愍帝诏命以司马睿总摄万机。西阳王司马羕为首的众官员请司马睿登帝位，在司马睿拒绝之下依魏晋两朝先例改称晋王，并于建康备百官，立社稷，改元"建武"。同年晋愍帝被杀，消息在翌年（318年）传到建康，百官劝进，司马睿遂即帝位，改元"太兴"。即位之时百官在旁，司马睿特别请一手协助他移镇江東并取得江南士族支持的王导和他一起同坐御座，惟王导推辞。
晚年与王敦之乱
司马睿称帝后，试图抑制琅邪王氏势力过盛的局面，亲任刘隗及刁协，推行自己主张的"用申韩之术"、"以法御下"的方针，其中就有打击士族的部分。刘隗曾连番表奏琅邪王氏王含的胡作非为，又以淳于伯判刑过重至死为理由弹劾出身义兴周氏之丞相从事中郎周莚为首的属官"不胜其任"，逼令王导也自求引咎辞职。刘隗还弹劾周嵩兄周顗"纵肆小人，群为凶害"，让周顗被免官。刘、刁二人得重用，继续推行一系列崇上抑下、排抑豪强的"刻碎之政"，其中包括征发士族拥有的奴和僮客为兵，组建刘隗、戴渊出藩作援的军事力量。如此种种引起南北士族很多不满和怨恨，其中王敦更厌恶刘、刁二人的行动。
322年（永昌元年），大将军、荆州牧王敦于武昌起兵，以诛刘隗为名进攻建康。司马睿其实早就提防王敦，尤其前一年就派戴渊以征西将军出镇合肥（今安徽合肥）、刘隗以镇北将军镇淮阴（今江苏淮安）作外援。闻王敦起兵后便召他们入卫建康，并以王导为前锋大都督，自己亦亲身披甲在城郊检阅六军，积极抵抗。然而王敦兵临建康时即攻石头城，守城的周札开门迎敌，王敦遂控制石头城。司马睿随后命令诸军进攻石头城，为王敦所败。司马睿无力抵御王敦，只好妥协，王敦遂自授丞相主政。
逼于王敦的司马睿忧惧成疾，在同年闰十一月己丑日（323年1月3日）去世，时年四十七岁，葬建平陵，庙号中宗，谥元皇帝。
王敦之乱的经过与晚年处境
永昌元年（322年）正月，王敦以诛刘隗为名自武昌举兵，龙骧将军沈充帅众自吴兴起兵响应。司马睿征征西将军戴若思、镇北将军刘隗还卫京都，以司空王导为前锋大都督，以太子右卫率周筵统兵三千讨沈充，"帝亲被甲徇六师于郊外"，又遣平南将军陶侃领江州、安南将军甘卓领荆州，"各帅所统以蹑敦后"。四月，王敦前锋攻石头城，右将军周札开城门应之，奋威将军侯礼战死；王敦据石头，戴若思、刘隗帅众攻之，王导、周顗、郭逸、虞潭等三道出战，六军败绩，尚书令刁协奔于江乘被害，镇北将军刘隗奔于石勒。司马睿遣使对王敦说："公若不忘本朝，于此息兵，则天下尚可共安也。如其不然，腾当归于琅邪，以避贤路。"王敦控制朝政后，先后杀害戴渊、周顗等人，随意进退内外群臣，并把司马睿软禁在宫中，取消其人身自由；同年四月王敦退军还武昌，临行前又在建邺设置留府以控制朝廷，随后加领宁、益二州都督，把几个军事重镇全部换上自己的亲属或心腹。此后东晋的军政实权尽归王氏，晋室名存而已。
在位期间另有两事最能见其对北方的态度。建兴四年（316年）十一月，长安在汉赵军重围之下内外断绝、兵疲粮竭，司马睿始终拒绝派兵赴援，愍帝被迫出降；消息传到江南，他"整军宿营，作出一副发动北伐以解救愍帝的模样"，数天之后这场政治表演便不了了之，为了给自己解脱塞责，竟以"漕运稽期"的罪名冤杀丞相府督运令史淳于伯。淳于伯之死引发朝野不满，"百姓喧哗，士女纵观，咸曰其冤"，连其心腹刘隗也上奏为淳于伯鸣不平，据《晋书·刘隗传》所记"刑血著柱，遂逆上终极柱末二丈三尺"，刘隗请免从事中郎周筵等承办者之官，右将军王导等亦上疏引咎请解职，司马睿答以"政刑失中，皆吾暗塞所由"，最终一无所问，只承认自己错杀。对祖逖的北伐，他同样仅给有限支持：祖逖进说北伐之策后，朝廷只是"以逖为奋威将军、豫州刺史，给千人禀，布三千匹，不给铠仗，使自招募"；祖逖收复河南之后不得朝廷信任，又听闻王敦跋扈、朝廷内部矛盾日增，忧愤成疾而卒。后世论者因此多责其"仅能保区区之江左，略无规取中原之心"。