人物生平
家世与早年
司马邺出身西晋皇室，祖父为晋武帝司马炎，生父为吴孝王司马晏，生母为颍川荀氏，是司徒荀勖之女。司马邺最初过继给伯父秦献王司马柬为嗣，袭封秦王。308年（永嘉二年），拜为散骑常侍、抚军将军。
311年（永嘉五年），汉赵大军攻陷洛阳，掳走晋怀帝，司马邺的生父司马晏及兄弟们都遇害。司马邺本人逃亡到荥阳密县，与舅父荀藩、荀组相遇，自密县南走许颍。豫州刺史阎鼎与前抚军长史王毗、司徒长史刘畴、中书郎李昕及荀藩等人共同谋划送司马邺回长安。刘畴等中途叛变，阎鼎追上把他杀了，荀藩、荀组幸免于难。阎鼎即裹挟司马邺，乘坐牛车，经宛县奔武关，多次遇到山贼拦截，士卒逃散，停留在蓝田。阎鼎告知雍州刺史贾疋，贾疋立即派州兵迎接护卫司马邺，到达长安，又使辅国将军梁综帮助守卫长安。
入主长安与称帝
312年（永嘉六年）九月，阎鼎等人拥立司马邺为皇太子，登坛祭天，建立宗庙社稷，实行大赦。给贾疋加征西大将军称号，以秦州刺史、南阳王司马保为大司马。贾疋讨伐贼张连时被杀害，众人推举始平太守麴允兼任雍州刺史，担任盟主。
313年（永嘉七年）四月初一，司马邺得知晋怀帝死讯，举行哀悼祭奠之礼。四月二十七日，司马邺即皇帝位，大赦天下，改年号为“建兴”，是为晋愍帝。任命卫将军梁芬为司徒，雍州刺史麴允为使持节、领军将军、录尚书事，京兆太守索綝为尚书右仆射。五月十八日，任命镇东大将军、琅琊王司马睿为侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，大司马、南阳王司马保为右丞相、大都督陕西诸军事。 愍帝即位时，正值永嘉之乱，天下崩离。长安城中不满百户人家，房屋坍塌，荆棘成林。朝廷无车马服饰，只能把官衔写在桑木板上作标志。军队不过一旅，公私有车四辆，器械缺少，粮饷运输不能接济。为取得关中地主武装的支持，凡坞垒之帅悉授将军之号。
困守长安
315年（建兴三年），晋愍帝多次向丞相司马保征召军队。司马保身边的官员都说：“被蝮蛇咬手，壮士便截断手腕防止蛇毒蔓延。现在胡人贼寇士气正盛，应当暂时截断陇地的道路来观察事态的变化。”从事中郎裴诜说：“现在蛇已经咬头，头难道也能截断吗？”司马保这才以镇军将军胡崧为前锋都督，等各军集中后进发，但最终也没有实施。麴允想护送晋愍帝到司马保那里，索綝说：“司马保得到了天子，一定会放纵他自己的私心。”于是就没有行动。这样长安以西的地区，不再进贡尊奉朝廷，朝廷中的文武百官都饥饿困乏，靠采集野生的谷子来生存。
316年（建兴四年）八月，汉赵刘曜率军围攻长安，长安城内外断绝联系。十月，长安城发生严重饥荒，米价一斗达到黄金二两，并出现人吃人的情况，长安城中一大半人饿死。太仓中有酿酒用的曲饼数十块，麴允将曲饼砸碎熬粥给晋愍帝喝，不久，曲饼也已经吃光了。晋愍帝哭着对麴允说，如今穷困危急到这种地步，外面没有救援，为社稷而死是他所应该的。但想到将士们遭受的磨难，应趁城未陷落而行全身之计，或许可以使百姓免受屠戮之苦。于是命人赶快发书向汉赵投降。
出降与遇害
316年（建兴四年）十一月十一日，晋愍帝派侍中宋敞向刘曜送上降书，自己乘坐羊车，脱去上衣，口衔玉璧，侍从抬着棺材，出城投降。群臣哭泣呼号，攀援住车驾，拉住晋愍帝的手，晋愍帝也不胜悲哀。御史中丞吉朗自杀。刘曜烧了棺材，接受了玉璧，让宋敞侍奉晋愍帝回宫。
十一月十七日，晋愍帝被送往平阳过流亡生活，麴允和群官都跟从到平阳。汉赵皇帝刘聪给晋愍帝加上光禄大夫、怀安侯的称号。十八日，刘聪登殿，晋愍帝在他面前叩头跪拜，麴允看到这种情景，伏地痛哭，然后自杀。
晋愍帝投降汉赵后，刘聪对他百般羞辱。317年（建兴五年）十月，刘聪外出打猎，令晋愍帝执行车骑将军的职务，穿着戎服，手执戟矛，在前面开路，百姓聚在路旁观看，有些晋朝遗民故老看了以后抽泣流涕，刘聪听到后十分厌恶。后来，刘聪又趁宴会时让晋愍帝行酒，洗酒杯，上厕所时又使晋愍帝拿马桶盖，旁边的晋臣多失声哭泣，尚书郎辛宾抱住晋愍帝痛哭，被刘聪杀害。318年2月7日（建兴五年十二月二十日），刘聪在平阳将晋愍帝杀害，终年十八岁。
司马邺最初出继伯父秦献王司马柬，袭封秦王；永嘉二年（308年）拜散骑常侍、抚军将军。洛阳倾覆后，他避难至荥阳密县，与舅父荀藩、荀组相遇，自密县南走许颍。豫州刺史阎鼎与前抚军长史王毗、司徒长史刘畴、中书郎李昕及荀藩、荀组等共同谋划送他回长安，刘畴等中途叛变，阎鼎追杀之，荀藩、荀组仅以身免。阎鼎遂挟持司马邺乘牛车，自宛县奔武关，屡遇山贼，士卒逃散，停留于蓝田。阎鼎告知雍州刺史贾疋，贾疋立即派州兵迎接护卫他到长安，又派辅国将军梁综协助守城。312年10月19日（永嘉六年九月初三），阎鼎等人拥立司马邺为皇太子，登坛告天，建立宗庙社稷，实行大赦；加贾疋征西大将军，以秦州刺史、南阳王司马保为大司马。贾疋讨伐贼帅张连时遇害，众人推举始平太守麹允兼任雍州刺史为盟主，承制选置官员。
313年四月，司马邺得到晋怀帝的死讯，举哀成礼；四月二十七日即皇帝位，大赦天下，改元建兴，是为晋愍帝。他以卫将军梁芬为司徒，以麹允为使持节、领军将军、录尚书事，以京兆太守索綝为尚书右仆射；五月又以镇东大将军、琅邪王司马睿为侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，以南阳王司马保为右丞相、大都督陕西诸军事。当时正值永嘉之乱，天下崩离，长安户不盈百，蒿棘成林，太仓只有酿酒用的曲饼数十块，兵众仅剩一旅；为取得关中地主武装的支持，凡坞垒之帅一概授以将军之号。
建兴三年（315年），愍帝多次向丞相司马保征召军队，司马保身边的官员以「蝮蛇螫手，壮士断腕」为言，主张暂时切断陇道以观事变，从事中郎裴诜反驳说「蛇已螫头，头可断乎」，司马保才以镇军将军胡崧为前锋都督。麹允想护送愍帝往依司马保，索綝以「保得天子，必逞其私志」为由阻止；于是长安以西不再贡奉朝廷，百官饥饿困乏，靠采集野生谷物自存。316年八月，刘曜率军进逼长安，城内外联系断绝。十月长安大饥，米一斗值金二两，出现人相食的惨状，死者过半；太仓曲饼也已吃尽。愍帝哭着对麹允说，如今穷困危急、外无救援，自己为社稷而死是本分，但念及将士遭受的苦难，愿趁城未陷落而行保全之计，或可使百姓免受屠戮之苦，于是决定发书投降。
316年11月11日，愍帝派侍中宋敞向刘曜送降书，自己乘羊车、脱去上衣、口衔玉璧，侍从抬着棺材出城投降；群臣哭泣呼号，攀挽车驾，愍帝亦悲不自胜，御史中丞吉朗自杀。刘曜烧掉棺材、接受玉璧，让宋敞侍奉愍帝回宫。十一月十七日，他被送往平阳，麹允与群官随行，汉赵皇帝刘聪给他加上光禄大夫、怀安侯的称号；次日刘聪登殿，愍帝在殿前叩头跪拜，麹允伏地恸哭后自杀。此后刘聪对他百般羞辱：建兴五年（317年）十月刘聪外出打猎，令愍帝着戎服、手执戟矛在前开路，路旁百姓与晋朝遗民见了抽泣流涕，刘聪听说后十分厌恶；又在宴会中令他行酒、洗酒杯，如厕时令他执马桶盖，在旁的晋臣多失声哭泣，尚书郎辛宾抱着愍帝痛哭，被刘聪杀害。建兴五年十二月二十日（318年2月7日），刘聪在平阳将愍帝杀害，终年十八岁。
《晋书》记他「出继后伯父秦献王柬，袭封秦王」，又记长安当时「户不盈百，蒿棘成林」，为后世了解永嘉之乱后的关中留下了具体记载。他的被杀标志着西晋的正式灭亡，此后司马睿在建康称帝、东晋建立，北方则进入十六国的纷争，关中一带先后为刘曜、石勒等势力所争夺。
他被俘之后，西晋的宗室与士人多已南渡，江东的司马睿在得到愍帝死讯后先称晋王，次年称帝，东晋的建立即以愍帝之死为起点。
愍帝在位仅四年，其间长安始终处在军粮不继、政令不出关中的困境中。